法律分析：三楼使用二楼商铺楼顶是违法行为，这栋楼的所有业主都可以对二楼业主的违法行为追究法律责任。一般情况下，二楼商铺的业主在购买这个商铺的时候，开发商的工作人员很有可能会告知他，商铺顶楼的所有权归他所有，但这个条件不可以写在商铺的房屋销售合同上。
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建议向城管部门及房管部门确认
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你好，按照合同约定办理