未登记房屋需经调查认定，合法建筑应获补偿，违法建筑则不予补偿。依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》，未办理手续的建筑视为违法，但历史遗留无证房应获公平补偿。不及时处理可能导致合法权益受损，如错过补偿时机。
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未登记房屋需处理。具体操作：1. 调查认定房屋性质，合法还是违法；2. 合法建筑，协商补偿方案，确保公平合理；3. 违法建筑，依法处理，考虑历史因素；4. 无法协商时，依法申请强制执行，保障征收工作顺利进行。
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处理未登记房屋，常见方式有调查认定、协商补偿或依法强制拆除。选择时应考虑房屋性质、历史背景及法律法规，确保合法合理处理。