医生在行医机构未注册，即使有执业证书，也可能被视为非法行医。根据《执业医师法》等规定，行医需在注册的医疗机构内，否则属非法行医。未注册行医可能导致医疗秩序混乱，患者权益受损，甚至构成非法行医罪。
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未注册行医属非法。具体操作：1.立即停止非法行医行为；2.向卫生行政部门报告并申请注册；3.如被查处，接受处罚并整改；4.情节严重者，需承担刑事责任，应配合司法程序。
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处理此类情况，常见方式有责令停止、罚款、吊销执业证书等。选择处理方式需依据违规情节轻重，轻微者责令改正并罚款，严重者则吊销执业证书并追究法律责任。